COL9A1 |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/c8/Protein_COL9A1_PDB_2uur.png/250px-Protein_COL9A1_PDB_2uur.png) |
Наявні структури |
---|
PDB | Пошук ортологів: PDBe RCSB | | |
Ідентифікатори |
---|
Символи | COL9A1, DJ149L1.1.2, EDM6, MED, STL4, collagen type IX alpha 1, collagen type IX alpha 1 chain |
---|
Зовнішні ІД | OMIM: 120210 MGI: 88465 HomoloGene: 1393 GeneCards: COL9A1 |
---|
Онтологія гена |
---|
Молекулярна функція | • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength • зв'язування з іоном металу • extracellular matrix structural constituent |
---|
Клітинна компонента | • collagen type IX trimer • extracellular region • колаген • endoplasmic reticulum lumen • міжклітинний простір • GO:0005578 Позаклітинна матриця • collagen-containing extracellular matrix |
---|
Біологічний процес | • animal organ morphogenesis • extracellular matrix organization |
---|
Джерела:Amigo / QuickGO | |
Шаблон експресії |
---|
![](//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/0a/PBB_GE_COL9A1_222008_at_fs.png/250px-PBB_GE_COL9A1_222008_at_fs.png) |
Більше даних |
Ортологи |
---|
Види | Людина | Миша |
---|
Entrez | | |
---|
Ensembl | | |
---|
UniProt | | |
---|
RefSeq (мРНК) | | NM_001851 NM_078485 NM_001377289 NM_001377290 NM_001377291 |
| |
---|
RefSeq (білок) | | NP_001842 NP_511040 NP_001364218 NP_001364219 NP_001364220 |
| |
---|
Локус (UCSC) | Хр. 6: 70.22 – 70.3 Mb | Хр. 1: 24.22 – 24.29 Mb |
---|
PubMed search | [1] | [2] |
---|
Вікідані |
Див./Ред. для людей | Див./Ред. для мишей |
|
COL9A1 (англ. Collagen type IX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 6-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 921 амінокислот, а молекулярна маса — 91 869[4].
Послідовність амінокислот
10 | | 20 | | 30 | | 40 | | 50 |
MKTCWKIPVF | | FFVCSFLEPW | | ASAAVKRRPR | | FPVNSNSNGG | | NELCPKIRIG |
QDDLPGFDLI | | SQFQVDKAAS | | RRAIQRVVGS | | ATLQVAYKLG | | NNVDFRIPTR |
NLYPSGLPEE | | YSFLTTFRMT | | GSTLKKNWNI | | WQIQDSSGKE | | QVGIKINGQT |
QSVVFSYKGL | | DGSLQTAAFS | | NLSSLFDSQW | | HKIMIGVERS | | SATLFVDCNR |
IESLPIKPRG | | PIDIDGFAVL | | GKLADNPQVS | | VPFELQWMLI | | HCDPLRPRRE |
TCHELPARIT | | PSQTTDERGP | | PGEQGPPGPP | | GPPGVPGIDG | | IDGDRGPKGP |
PGPPGPAGEP | | GKPGAPGKPG | | TPGADGLTGP | | DGSPGSIGSK | | GQKGEPGVPG |
SRGFPGRGIP | | GPPGPPGTAG | | LPGELGRVGP | | VGDPGRRGPP | | GPPGPPGPRG |
TIGFHDGDPL | | CPNACPPGRS | | GYPGLPGMRG | | HKGAKGEIGE | | PGRQGHKGEE |
GDQGELGEVG | | AQGPPGAQGL | | RGITGIVGDK | | GEKGARGLDG | | EPGPQGLPGA |
PGDQGQRGPP | | GEAGPKGDRG | | AEGARGIPGL | | PGPKGDTGLP | | GVDGRDGIPG |
MPGTKGEPGK | | PGPPGDAGLQ | | GLPGVPGIPG | | AKGVAGEKGS | | TGAPGKPGQM |
GNSGKPGQQG | | PPGEVGPRGP | | QGLPGSRGEL | | GPVGSPGLPG | | KLGSLGSPGL |
PGLPGPPGLP | | GMKGDRGVVG | | EPGPKGEQGA | | SGEEGEAGER | | GELGDIGLPG |
PKGSAGNPGE | | PGLRGPEGSR | | GLPGVEGPRG | | PPGPRGVQGE | | QGATGLPGVQ |
GPPGRAPTDQ | | HIKQVCMRVI | | QEHFAEMAAS | | LKRPDSGATG | | LPGRPGPPGP |
PGPPGENGFP | | GQMGIRGLPG | | IKGPPGALGL | | RGPKGDLGEK | | GERGPPGRGP |
NGLPGAIGLP | | GDPGPASYGR | | NGRDGERGPP | | GVAGIPGVPG | | PPGPPGLPGF |
CEPASCTMQA | | GQRAFNKGPD | | P |
Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.
Література
- Muragaki Y., Kimura T., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The complete primary structure of two distinct forms of human alpha 1 (IX) collagen chains. Eur. J. Biochem. 192: 703—708. PMID 2209617 DOI:10.1111/j.1432-1033.1990.tb19279.x
- The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
- Diab M., Wu J.J., Eyre D.R. (1996). Collagen type IX from human cartilage: a structural profile of intermolecular cross-linking sites. Biochem. J. 314: 327—332. PMID 8660302 DOI:10.1042/bj3140327
- Muragaki Y., Nishimura I., Henney A., Ninomiya Y., Olsen B.R. (1990). The alpha 1 (IX) collagen gene gives rise to two different transcripts in both mouse embryonic and human fetal RNA. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87: 2400—2404. PMID 1690886 DOI:10.1073/pnas.87.7.2400
Примітки
- ↑ Human PubMed Reference:.
- ↑ Mouse PubMed Reference:.
- ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2217 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2015. Процитовано 6 вересня 2017.
- ↑ UniProt, P20849 (англ.) . Архів оригіналу за 27 листопада 2017. Процитовано 6 вересня 2017.
Див. також
Портал «Біологія» Портал «Хімія» |
| Це незавершена стаття про білки. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |