COL20A1

COL20A1
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

2DKM, 2EE3, 2EKJ, 5KF4

Ідентифікатори
Символи COL20A1, bA261N11.4, collagen type XX alpha 1, collagen type XX alpha 1 chain
Зовнішні ІД MGI: 1920618 HomoloGene: 75138 GeneCards: COL20A1
Онтологія гена
Молекулярна функція

• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• calcium ion binding
• mannose binding

Клітинна компонента

• GO:0005578 Позаклітинна матриця
• extracellular region
• колаген
• endoplasmic reticulum lumen
• міжклітинний простір
• collagen-containing extracellular matrix

Біологічний процес

• complement activation, lectin pathway
• growth plate cartilage chondrocyte morphogenesis

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
57642
73368
Ensembl
ENSG00000101203
ENSMUSG00000016356
UniProt
Q9P218
Q923P0
RefSeq (мРНК)
NM_020882
NM_028518
RefSeq (білок)
NP_065933
NP_082794
Локус (UCSC) Хр. 20: 63.29 – 63.33 Mb Хр. 2: 180.63 – 180.66 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

COL20A1 (англ. Collagen type XX alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на довгому плечі 20-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 284 амінокислот, а молекулярна маса — 135 830[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MSSGDPAHLGLCLWLWLGATLGREQVQASGLLRLAVLPEDRLQMKWRESE
GSGLGYLVQVKPMAGDSEQEVILTTKTPKATVGGLSPSKGYTLQIFELTG
SGRFLLARREFVIEDLKSSSLDRSSQRPLGSGAPEPTPSHTGSPDPEQAS
EPQVAFTPSQDPRTPAGPQFRCLPPVPADMVFLVDGSWSIGHSHFQQVKD
FLASVIAPFEIGPDKVQVGLTQYSGDAQTEWDLNSLSTKEQVLAAVRRLR
YKGGNTFTGLALTHVLGQNLQPAAGLRPEAAKVVILVTDGKSQDDVHTAA
RVLKDLGVNVFAVGVKNADEAELRLLASPPRDITVHSVLDFLQLGALAGL
LSRLICQRLQGGSPRQGPAAAPALDTLPAPTSLVLSQVTSSSIRLSWTPA
PRHPLKYLIVWRASRGGTPREVVVEGPAASTELHNLASRTEYLVSVFPIY
EGGVGEGLRGLVTTAPLPPPRALTLAAVTPRTVHLTWQPSAGATHYLVRC
SPASPKGEEEEREVQVGRPEVLLDGLEPGRDYEVSVQSLRGPEGSEARGI
RARTPTLAPPRHLGFSDVSHDAARVFWEGAPRPVRLVRVTYVSSEGGHSG
QTEAPGNATSATLGPLSSSTTYTVRVTCLYPGGGSSTLTGRVTTKKAPSP
SQLSMTELPGDAVQLAWVAAAPSGVLVYQITWTPLGEGKAHEISVPGNLG
TAVLPGLGRHTEYDVTILAYYRDGARSDPVSLRYTPSTVSRSPPSNLALA
SETPDSLQVSWTPPLGRVLHYWLTYAPASGLGPEKSVSVPGARSHVTLPD
LQAATKYRVLVSAIYAAGRSEAVSATGQTACPALRPDGSLPGFDLMVAFS
LVEKAYASIRGVAMEPSAFGGTPTFTLFKDAQLTRRVSDVYPAPLPPEHT
IVFLVRLLPETPREAFALWQMTAEDFQPLLGVLLDAGKKSLTYFHRDPRA
ALQEATFDPQEVRKIFFGSFHKVHVAVGRSKVRLYVDCRKVAERPLGEMG
SPPAAGFVTLGRLAKARGPRSSSAAFQLQMLQIVCSDTWADEDRCCELPA
SRDGETCPAFVSACSCSSETPGPPGPQGPPGLPGRNGTPGEQGFPGPRGP
PGVKGEKGDHGLPGLQGHPGHQGIPGRVGLQGPKGMRGLEGTAGLPGPPG
PRGFQGMAGARGTSGERGPPGTVGPTGLPGPKGERGEKGEPQSLATLYQL
VSQASHVSKFDSFHENTRPPMPILEQKLEPGTEPLGSPGTRSKALVPGEW
GRGGRHLEGRGEPGAVGQMGSPGQQGASTQGLWE

Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Секретований назовні.

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Nagase T., Kikuno R., Ishikawa K., Hirosawa M., Ohara O. (2000). Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 7: 143—150. PMID 10819331 DOI:10.1093/dnares/7.2.143

Примітки

  1. ↑ Human PubMed Reference:.
  2. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  3. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:14670 (англ.) . Архів оригіналу за 15 вересня 2015. Процитовано 21 вересня 2017.
  4. ↑ UniProt, Q9P218 (англ.) . Архів оригіналу за 29 грудня 2016. Процитовано 21 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 20
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»

  • п
  • о
  • р
Позаклітинний матрикс
Колаген
Фібрилотворчі
Інші
  • мультиплексин: COL15A1
  • тип XVIII
Ензими
Ламінін
Інші
Інші