COL16A1

Ідентифікатори

Символи

COL16A1, 447AA, FP1572, collagen type XVI alpha 1, collagen type XVI alpha 1 chain

Зовнішні ІД

OMIM: 120326 MGI: 1095396 HomoloGene: 1397 GeneCards: COL16A1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• integrin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • extracellular matrix structural constituent • extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength
Клітинна компонента	• extracellular region • collagen type XVI trimer • колаген • endoplasmic reticulum lumen • GO:0005578 Позаклітинна матриця • міжклітинний простір • collagen-containing extracellular matrix
Біологічний процес	• cellular response to amino acid stimulus • integrin-mediated signaling pathway • жіноча вагітність • positive regulation of focal adhesion assembly • integrin activation • адгезія клітин • extracellular matrix organization • cell adhesion mediated by integrin
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


1307


107581

Ensembl


ENSG00000084636


ENSMUSG00000040690

UniProt


Q07092


Q8BLX7

RefSeq (мРНК)


NM_001856


NM_028266

RefSeq (білок)


NP_001847


NP_082542 NP_001391281 NP_001391282

Локус (UCSC)

Хр. 1: 31.65 – 31.7 Mb

Хр. 4: 129.94 – 129.99 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

COL16A1 (англ. Collagen type XVI alpha 1 chain) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 604 амінокислот, а молекулярна маса — 157 751^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MWVSWAPGLW	LLGLWATFGH	GANTGAQCPP	SQQEGLKLEH	SSSLPANVTG
FNLIHRLSLM	KTSAIKKIRN	PKGPLILRLG	AAPVTQPTRR	VFPRGLPEEF
ALVLTLLLKK	HTHQKTWYLF	QVTDANGYPQ	ISLEVNSQER	SLELRAQGQD
GDFVSCIFPV	PQLFDLRWHK	LMLSVAGRVA	SVHVDCSSAS	SQPLGPRRPM
RPVGHVFLGL	DAEQGKPVSF	DLQQVHIYCD	PELVLEEGCC	EILPAGCPPE
TSKARRDTQS	NELIEINPQS	EGKVYTRCFC	LEEPQNSEVD	AQLTGRISQK
AERGAKVHQE	TAADECPPCV	HGARDSNVTL	APSGPKGGKG	ERGLPGPPGS
KGEKGARGND	CVRISPDAPL	QCAEGPKGEK	GESGALGPSG	LPGSTGEKGQ
KGEKGDGGIK	GVPGKPGRDG	RPGEICVIGP	KGQKGDPGFV	GPEGLAGEPG
PPGLPGPPGI	GLPGTPGDPG	GPPGPKGDKG	SSGIPGKEGP	GGKPGKPGVK
GEKGDPCEVC	PTLPEGFQNF	VGLPGKPGPK	GEPGDPVPAR	GDPGIQGIKG
EKGEPCLSCS	SVVGAQHLVS	STGASGDVGS	PGFGLPGLPG	RAGVPGLKGE
KGNFGEAGPA	GSPGPPGPVG	PAGIKGAKGE	PCEPCPALSN	LQDGDVRVVA
LPGPSGEKGE	PGPPGFGLPG	KQGKAGERGL	KGQKGDAGNP	GDPGTPGTTG
RPGLSGEPGV	QGPAGPKGEK	GDGCTACPSL	QGTVTDMAGR	PGQPGPKGEQ
GPEGVGRPGK	PGQPGLPGVQ	GPPGLKGVQG	EPGPPGRGVQ	GPQGEPGAPG
LPGIQGLPGP	RGPPGPTGEK	GAQGSPGVKG	ATGPVGPPGA	SVSGPPGRDG
QQGQTGLRGT	PGEKGPRGEK	GEPGECSCPS	QGDLIFSGMP	GAPGLWMGSS
WQPGPQGPPG	IPGPPGPPGV	PGLQGVPGNN	GLPGQPGLTA	ELGSLPIEQH
LLKSICGDCV	QGQRAHPGYL	VEKGEKGDQG	IPGVPGLDNC	AQCFLSLERP
RAEEARGDNS	EGDPGCVGSP	GLPGPPGLPG	QRGEEGPPGM	RGSPGPPGPI
GPPGFPGAVG	SPGLPGLQGE	RGLTGLTGDK	GEPGPPGQPG	YPGATGPPGL
PGIKGERGYT	GSAGEKGEPG	PPGSEGLPGP	PGPAGPRGER	GPQGNSGEKG
DQGFQGQPGF	PGPPGPPGFP	GKVGSPGPPG	PQAEKGSEGI	RGPSGLPGSP
GPPGPPGIQG	PAGLDGLDGK	DGKPGLRGDP	GPAGPPGLMG	PPGFKGKTGH
PGLPGPKGDC	GKPGPPGSTG	RPGAEGEPGA	MGPQGRPGPP	GHVGPPGPPG
QPGPAGISAV	GLKGDRGATG	ERGLAGLPGQ	PGPPGHPGPP	GEPGTDGAAG
KEGPPGKQGF	YGPPGPKGDP	GAAGQKGQAG	EKGRAGMPGG	PGKSGSMGPV
GPPGPAGERG	HPGAPGPSGS	PGLPGVPGSM	GDMVNYDEIK	RFIRQEIIKM
FDERMAYYTS	RMQFPMEMAA	APGRPGPPGK	DGAPGRPGAP	GSPGLPGQIG
REGRQGLPGV	RGLPGTKGEK	GDIGIGIAGE	NGLPGPPGPQ	GPPGYGKMGA
TGPMGQQGIP	GIPGPPGPMG	QPGKAGHCNP	SDCFGAMPME	QQYPPMKTMK
GPFG

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Задіяний у такому біологічному процесі як клітинна адгезія. Локалізований у позаклітинному матриксі. Також секретований назовні.

Література

Pan T.-C., Zhang R.-Z., Mattei M.-G., Timpl R., Chu M.-L. (1992). Cloning and chromosomal location of human alpha 1(XVI) collagen. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89: 6565—6569. PMID 1631157 DOI:10.1073/pnas.89.14.6565
Grassel S., Timpl R., Tan E.M.L., Chu M.-L. (1996). Biosynthesis and processing of type XVI collagen in human fibroblasts and smooth muscle cells. Eur. J. Biochem. 242: 576—584. PMID 9022684 DOI:10.1111/j.1432-1033.1996.0576r.x

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2193 (англ.) . Архів оригіналу за 22 березня 2016. Процитовано 25 серпня 2017.
↑ UniProt, Q07092 (англ.) . Архів оригіналу за 25 вересня 2017. Процитовано 25 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 1

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фібрилярні білки

Позаклітинний матрикс

Колаген

Фібрилотворчі	тип І COL1A1 COL1A2 тип ІІ (COL2A1) тип ІІІ COL3A1 тип V COL5A1 COL5A2 COL5A3 COL24A1 COL26A1
Інші	FACIT: тип IX COL9A1 COL9A2 COL9A3 тип XII (COL12A1) COL14A1 COL16A1 COL19A1 COL20A1 COL21A1 COL22A1 базальна мембрана: тип IV COL4A1 COL4A2 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL4A6 мультиплексин: COL15A1 тип XVIII COL18A1 Ендостатин трансмембрана: COL13A1 COL17A1 COL23A1 COL25A1 інші: тип VI COL6A1 COL6A2 COL6A3 COL6A5 тип VII COL7A1 тип VIII COL8A1 COL8A2 тип X (COL10A1) тип XI COL11A1 COL11A2 COL27A1 COL28A1
Ензими	Пролілгідроксилаза/Лізилгідроксилаза CRTAP/Лепрекан ADAMTS2 Проколаген пептидаза Лізилоксидаза