PHF8

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4DO0, 3K3O, 2WWU, 3K3N, 3KV4,%%s2WWU, 3K3N, 3K3O, 3KV4, 4DO0

Ідентифікатори

Символи

PHF8, JHDM1F, MRXSSD, ZNF422, PHD finger protein 8, KDM7B

Зовнішні ІД

OMIM: 300560 MGI: 2444341 HomoloGene: 49405 GeneCards: PHF8

Пов'язані генетичні захворювання

біполярний афективний розлад, шизофренія, syndromic X-linked intellectual disability Siderius type^[1]

Реагує на сполуку

daminozide^[2]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity • iron ion binding • histone H3-methyl-lysine-9 demethylase activity • histone H4-methyl-lysine-20 demethylase activity • chromatin binding • dioxygenase activity • зв'язування з іоном металу • methylated histone binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity • oxidoreductase activity • histone H3-tri/di-methyl-lysine-27 demethylase activity • histone demethylase activity • zinc ion binding
Клітинна компонента	• ядерна мембрана • нуклеоплазма • ядерце • клітинне ядро
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • histone H3-K27 demethylation • histone H3-K9 demethylation • histone H4-K20 demethylation • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • brain development • negative regulation of ribosomal DNA heterochromatin assembly • histone H3-K36 demethylation • клітинний цикл • positive regulation of transcription by RNA polymerase I • G1/S transition of mitotic cell cycle • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23133


320595

Ensembl


ENSG00000172943


ENSMUSG00000041229

UniProt


Q9UPP1


Q80TJ7

RefSeq (мРНК)


NM_001184896 NM_001184897 NM_001184898 NM_015107


NM_001113354 NM_177201

RefSeq (білок)


NP_001171825 NP_001171826 NP_001171827 NP_055922


NP_001106825 NP_796175

Локус (UCSC)

Хр. X: 53.94 – 54.05 Mb

Хр. X: 150.3 – 150.42 Mb

PubMed search

^[3]

^[4]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PHF8 (англ. PHD finger protein 8) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на X-хромосомі.^[5] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 060 амінокислот, а молекулярна маса — 117 864^[6].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNRSRAIVQR	GRVLPPPAPL	DTTNLAGRRT	LQGRAKMASV	PVYCLCRLPY
DVTRFMIECD	MCQDWFHGSC	VGVEEEKAAD	IDLYHCPNCE	VLHGPSIMKK
RRGSSKGHDT	HKGKPVKTGS	PTFVRELRSR	TFDSSDEVIL	KPTGNQLTVE
FLEENSFSVP	ILVLKKDGLG	MTLPSPSFTV	RDVEHYVGSD	KEIDVIDVTR
QADCKMKLGD	FVKYYYSGKR	EKVLNVISLE	FSDTRLSNLV	ETPKIVRKLS
WVENLWPEEC	VFERPNVQKY	CLMSVRDSYT	DFHIDFGGTS	VWYHVLKGEK
IFYLIRPTNA	NLTLFECWSS	SSNQNEMFFG	DQVDKCYKCS	VKQGQTLFIP
TGWIHAVLTP	VDCLAFGGNF	LHSLNIEMQL	KAYEIEKRLS	TADLFRFPNF
ETICWYVGKH	ILDIFRGLRE	NRRHPASYLV	HGGKALNLAF	RAWTRKEALP
DHEDEIPETV	RTVQLIKDLA	REIRLVEDIF	QQNVGKTSNI	FGLQRIFPAG
SIPLTRPAHS	TSVSMSRLSL	PSKNGSKKKG	LKPKELFKKA	ERKGKESSAL
GPAGQLSYNL	MDTYSHQALK	TGSFQKAKFN	ITGACLNDSD	DDSPDLDLDG
NESPLALLMS	NGSTKRVKSL	SKSRRTKIAK	KVDKARLMAE	QVMEDEFDLD
SDDELQIDER	LGKEKATLII	RPKFPRKLPR	AKPCSDPNRV	REPGEVEFDI
EEDYTTDEDM	VEGVEGKLGN	GSGAGGILDL	LKASRQVGGP	DYAALTEAPA
SPSTQEAIQG	MLCMANLQSS	SSSPATSSLQ	AWWTGGQDRS	SGSSSSGLGT
VSNSPASQRT	PGKRPIKRPA	YWRTESEEEE	ENASLDEQDS	LGACFKDAEY
IYPSLESDDD	DPALKSRPKK	KKNSDDAPWS	PKARVTPTLP	KQDRPVREGT
RVASIETGLA	AAAAKLAQQE	LQKAQKKKYI	KKKPLLKEVE	QPRPQDSNLS
LTVPAPTVAA	TPQLVTSSSP	LPPPEPKQEA	LSGSLADHEY	TARPNAFGMA
QANRSTTPMA	PGVFLTQRRP	SVGSQSNQAG	QGKRPKKGLA	TAKQRLGRIL
KIHRNGKLLL

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до оксидоредуктаз, активаторів, регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, клітинний цикл, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Feng W., Yonezawa M., Ye J., Jenuwein T., Grummt I. (2010). PHF8 activates transcription of rRNA genes through H3K4me3 binding and H3K9me1/2 demethylation. Nat. Struct. Mol. Biol. 17: 445—450. PMID 20208542 DOI:10.1038/nsmb.1778

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з PHF8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з PHD finger protein 8 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:20672 (англ.) . Процитовано 13 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9UPP1 (англ.) . Архів оригіналу за 25 вересня 2017. Процитовано 13 вересня 2017.

Див. також

Хромосома X

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма