Peringkat kalah mati Piala AFF 2016 dijadualkan bermula pada 3 Disember 2016 dan dijangka selesai pada 17 Disember 2016.
Format
Pada peringkat kalah mati, pasukan yang mara ke separuh akhir atau pentas akhir akan bermain perlawanan di tempat sendiri dan tempat lawan secara timbal balik dan pemenang perlawanan akan disahkan menerusi keputusan agregat ataupun peraturan gol tempat lawan. Jika berlaku satu keputusan terikat antara pasukan berkenaan, masa tambahan akan digunakan dan jika masih terikat, penalti akan terus dimainkan bagi menentukan pemenang.
Venue
Venue perlawanan peringkat kalah mati akan diistiharkan setelah keputusan peringkat kumpulan selesai dengan venue akan dimainkan di rumah dua pasukan teratas dari setiap kumpulan yang mara ke separuh akhir, begitu juga ke pentas akhir.
Pemain Terbaik Perlawanan: Rizky Pora (Indonesia) Penolong Pengadil: Anton Shchetinin (Australia) Park In-Sun (Korea Selatan) Pegawai Keempat: Chan Ming Siu (Hong Kong) Pesuruhjaya Perlawanan: Kanya Keomany (Laos) Pengadil Pemerhati: Visva Krishnan (Singapura)
Pemain Terbaik Perlawanan: Teerasil Dangda (Thailand) Penolong Pengadil: Ruslan Serazitdinov (Uzbekistan) Alisher Usmanov (Uzbekistan) Pegawai Keempat: Aziz Asimov (Uzbekistan) Pesuruhjaya Perlawanan: Abang Zulkarnain (Malaysia) Pengadil Pemerhati: Mohd Ali Samad (Singapura)
Pemain Terbaik Perlawanan: Lê Công Vinh (Vietnam) Penolong Pengadil: Ma Ji (China) Cao Yi (China) Pegawai Keempat: Wang Di (China) Pesuruhjaya Perlawanan: Kamarudin Sakhari (Malaysia) Pengadil Pemerhati: S. Selearajan (Malaysia)
Pemain Terbaik Perlawanan: Sarawut Masuk (Thailand) Penolong Pengadil: Ahmad Moannes (Jordan) Issa Mahmoud (Jordan) Pegawai Keempat: Ahmad Faisal (Jordan) Pesuruhjaya Perlawanan: Adrian Chan (Singapura) Pengadil Pemerhati: Abdul Malik (Singapura)