| KDM2B |
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| Structures disponibles |
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| PDB | Recherche d'orthologue: PDBe RCSB |
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| Identifiants |
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| Aliases | KDM2B |
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| IDs externes | OMIM: 609078 MGI: 1354737 HomoloGene: 13069 GeneCards: KDM2B |
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| Position du gène (Homme) |
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 | | Chr. | Chromosome 12 humain[1] |
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| | Locus | 12q24.31 | Début | 121,429,096 bp[1] |
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| Fin | 121,581,023 bp[1] |
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| Position du gène (Souris) |
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 | | Chr. | Chromosome 5 (souris)[2] |
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| | Locus | 5|5 F | Début | 123,008,728 bp[2] |
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| Fin | 123,127,886 bp[2] |
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| Expression génétique |
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| Bgee | | Humain | Souris (orthologue) |
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| Fortement exprimé dans | - skin of arm
- mucosa of ileum
- buccal mucosa cell
- éminence ganglionnaire
- ventricular zone
- Vermis du cervelet
- thymus
- epithelium of nasopharynx
- monocyte
- muscle tibial antérieur
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| | Fortement exprimé dans | - zygote
- éminence ganglionnaire
- primary oocyte
- secondary oocyte
- spermatocyte
- morula
- spermatide
- mésencéphale
- Épiblaste
- tube neural
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| | Plus de données d'expression de référence |
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| BioGPS | |
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| Gene Ontology |
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| Fonction moléculaire | - liaison ADN
- liaison ARNr
- zinc ion binding
- dioxygenase activity
- liaison ion métal
- histone demethylase activity
- liaison protéique
- histone H3-methyl-lysine-36 demethylase activity
- liaison ARN
- activité d'oxydoréductase
- RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
| | Composant cellulaire | - nucléoplasme
- nucléole
- PcG protein complex
- noyau
- chromosome
| | Processus biologique | - negative regulation of neuron apoptotic process
- midbrain-hindbrain boundary morphogenesis
- regulation of transcription, DNA-templated
- lateral ventricle development
- histone H2A monoubiquitination
- negative regulation of neural precursor cell proliferation
- hindbrain development
- negative regulation of transcription by RNA polymerase II
- transcription, DNA-templated
- third ventricle development
- positive regulation of cell growth
- embryonic camera-type eye morphogenesis
- histone H3-K36 demethylation
- spermatogenèse
- forebrain development
- positive regulation of stem cell population maintenance
- initiation of neural tube closure
- midbrain development
- fourth ventricle development
- organisation de la chromatine
| | Sources:Amigo / QuickGO |
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| Orthologues |
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| Espèces | Homme | Souris |
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| Entrez | | |
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| Ensembl | | |
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| UniProt | | |
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| RefSeq (mRNA) | | NM_001003953
NM_001005866
NM_013910
NM_001378863
NM_001378864
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|---|
NM_001378865 |
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|---|
| RefSeq (protéine) | | |
|---|
NP_001003953
NP_038938
NP_001365792
NP_001365793
NP_001365794 |
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| Localisation (UCSC) | Chr 12: 121.43 – 121.58 Mb | Chr 5: 123.01 – 123.13 Mb |
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| Publication PubMed | [3] | [4] |
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| Wikidata |
| Voir/Editer Humain | Voir/Editer Souris |
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Le KDM2B (pour lysine, donc l’abréviation est K, déméthylase 2B), ou NDY1, est une protéine dont le gène est KDM2B situé sur le chromosome 12 humain.
Rôles
Il joue un rôle d'oncogène, facilitant la survenue de différents cancers, dont la leucémie aiguë myéloïde[5] ou le cancer du pancréas[6]. Il contribue à la prolifération des fibroblastes[7] et favorise la formation et l'entretien de cellules soucbes pluripotentes[8].
Il interagit avec le PRC1[9] qui permet de réprimer l'expression de certains gènes. L'expression du KDM2B est régulé par le SOX2 et l'OCT4[10].
Notes et références
- ↑ a b et c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000089094 - Ensembl, May 2017
- ↑ a b et c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029475 - Ensembl, May 2017
- ↑ « Publications PubMed pour l'Homme », sur National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
- ↑ « Publications PubMed pour la Souris », sur National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine
- ↑ He J, Nguyen AT, Zhang Y, KDM2b/JHDM1b, an H3K36me2-specific demethylase, is required for initiation maintenance of acute myeloid leukemia, Blood, 2011;117:3869–3880
- ↑ Tzatsos A, Paskaleva P, Ferrari F et al. KDM2B promotes pancreatic cancer via Polycomb-dependent -independent transcriptional programs, J Clin Invest, 2013;123:727–739.
- ↑ Tzatsos A, Paskaleva P, Lymperi S et al. Lysine-specific demethylase 2B (KDM2B)-let-7-enhancer of zester homolog 2 (EZH2) pathway regulates cell cycle progression senescence in primary cells, J Biol Chem, 2011;286:33061–33069.
- ↑ Liang G, He J, Zhang Y, Kdm2b promotes induced pluripotent stem cell generation by facilitating gene activation early in reprogramming, Nat Cell Biol, 2012;14:457–466.
- ↑ Wu X, Johansen JV, Helin K, Fbxl10/Kdm2b recruits polycomb repressive complex 1 to CpG islands regulates H2A ubiquitylation, Mol Cell, 2013;49:1134–1146.
- ↑ He J, Shen L, Wan M, Taranova O, Wu H, Zhang Y, Kdm2b maintains murine embryonic stem cell status by recruiting PRC1 complex to CpG islands of developmental genes, Nat Cell Biol, 2013;15:373–384.
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