YTHDF2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4RDN, 4RDO, 4WQN

Ідентифікатори

Символи

YTHDF2, HGRG8, NY-REN-2, CAHL, YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2, DF2

Зовнішні ІД

OMIM: 610640 MGI: 2444233 HomoloGene: 32302 GeneCards: YTHDF2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• N6-methyladenosine-containing RNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• гіалоплазма • P-body • клітинне ядро • цитоплазма • центр організації мікротрубочок • cytoplasmic ribonucleoprotein granule
Біологічний процес	• humoral immune response • positive regulation of cap-independent translational initiation • regulation of mRNA stability • embryonic morphogenesis • mRNA destabilization • oocyte maturation • negative regulation of Notch signaling pathway • endothelial to hematopoietic transition • regulation of hematopoietic stem cell differentiation • regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation • диференціація клітин • Оогенез
Джерела:Amigo / QuickGO

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


51441


213541

Ensembl


ENSG00000198492


ENSMUSG00000040025

UniProt


Q9Y5A9


Q91YT7

RefSeq (мРНК)


NM_016258 NM_001172828 NM_001173128


NM_145393

RefSeq (білок)


NP_001166299 NP_001166599 NP_057342


NP_663368

Локус (UCSC)

Хр. 1: 28.74 – 28.77 Mb

Хр. 4: 131.91 – 131.94 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

YTHDF2 (англ. YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на 1-й хромосомі.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 579 амінокислот, а молекулярна маса — 62 334^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSASSLLEQR	PKGQGNKVQN	GSVHQKDGLN	DDDFEPYLSP	QARPNNAYTA
MSDSYLPSYY	SPSIGFSYSL	GEAAWSTGGD	TAMPYLTSYG	QLSNGEPHFL
PDAMFGQPGA	LGSTPFLGQH	GFNFFPSGID	FSAWGNNSSQ	GQSTQSSGYS
SNYAYAPSSL	GGAMIDGQSA	FANETLNKAP	GMNTIDQGMA	ALKLGSTEVA
SNVPKVVGSA	VGSGSITSNI	VASNSLPPAT	IAPPKPASWA	DIASKPAKQQ
PKLKTKNGIA	GSSLPPPPIK	HNMDIGTWDN	KGPVAKAPSQ	ALVQNIGQPT
QGSPQPVGQQ	ANNSPPVAQA	SVGQQTQPLP	PPPPQPAQLS	VQQQAAQPTR
WVAPRNRGSG	FGHNGVDGNG	VGQSQAGSGS	TPSEPHPVLE	KLRSINNYNP
KDFDWNLKHG	RVFIIKSYSE	DDIHRSIKYN	IWCSTEHGNK	RLDAAYRSMN
GKGPVYLLFS	VNGSGHFCGV	AEMKSAVDYN	TCAGVWSQDK	WKGRFDVRWI
FVKDVPNSQL	RHIRLENNEN	KPVTNSRDTQ	EVPLEKAKQV	LKIIASYKHT
TSIFDDFSHY	EKRQEEEESV	KKERQGRGK

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Білок має сайт для зв'язування з РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
Li F., Zhao D., Wu J., Shi Y. (2014). Structure of the YTH domain of human YTHDF2 in complex with an m(6)A mononucleotide reveals an aromatic cage for m(6)A recognition. Cell Res. 24: 1490—1492. PMID 25412658 DOI:10.1038/cr.2014.153

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:31675 (англ.) . Процитовано 15 вересня 2017.
↑ UniProt, Q9Y5A9 (англ.) . Архів оригіналу за 7 жовтня 2017. Процитовано 15 вересня 2017.