SRRM1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1MP1

Ідентифікатори

Символи

SRRM1, 160-KD, POP101, SRM160, serine and arginine repetitive matrix 1

Зовнішні ІД

OMIM: 605975 MGI: 1858303 HomoloGene: 136796 GeneCards: SRRM1

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• nuclear matrix • гіалоплазма • catalytic step 2 spliceosome • spliceosomal complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • nuclear speck
Біологічний процес	• RNA splicing, via transesterification reactions • mRNA splicing, via spliceosome • termination of RNA polymerase II transcription • mRNA processing • mRNA 3'-end processing • mRNA export from nucleus • Сплайсинг РНК • RNA export from nucleus
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


10250


51796

Ensembl


ENSG00000133226


ENSMUSG00000028809

UniProt


Q8IYB3


Q52KI8

RefSeq (мРНК)


NM_001303448 NM_001303449 NM_005839

NM_001130477 NM_016799 NM_001369067 NM_001369068 NM_001369069
NM_001369070 NM_001369071 NM_001369072 NM_001369073 NM_001369074

RefSeq (білок)

NP_001290377 NP_001290378 NP_005830 NP_001353494 NP_001353495
NP_001353496 NP_001353497 NP_001353498 NP_001353499 NP_001353500 NP_001353501 NP_001353502 NP_001353504 NP_001353505 NP_001353506 NP_001353507 NP_001353510 NP_001353511 NP_001353513 NP_001353514 NP_001353515 NP_001353516 NP_001353517 NP_001353518 NP_001353519 NP_001353520 NP_001353521 NP_001353522 NP_001353523 NP_001353524 NP_001353525 NP_001353526 NP_001353527 NP_001353528 NP_001353529

NP_001123949 NP_058079 NP_001355996 NP_001355997 NP_001355998
NP_001355999 NP_001356000 NP_001356001 NP_001356002 NP_001356003

Локус (UCSC)

Хр. 1: 24.63 – 24.67 Mb

Хр. 4: 135.32 – 135.35 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SRRM1 (англ. Serine and arginine repetitive matrix 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 904 амінокислот, а молекулярна маса — 102 335^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MDAGFFRGTS	AEQDNRFSNK	QKKLLKQLKF	AECLEKKVDM	SKVNLEVIKP
WITKRVTEIL	GFEDDVVIEF	IFNQLEVKNP	DSKMMQINLT	GFLNGKNARE
FMGELWPLLL	SAQENIAGIP	SAFLELKKEE	IKQRQIEQEK	LASMKKQDED
KDKRDKEEKE	SSREKRERSR	SPRRRKSRSP	SPRRRSSPVR	RERKRSHSRS
PRHRTKSRSP	SPAPEKKEKT	PELPEPSVKV	KEPSVQEATS	TSDILKVPKP
EPIPEPKEPS	PEKNSKKEKE	KEKTRPRSRS	RSKSRSRTRS	RSPSHTRPRR
RHRSRSRSYS	PRRRPSPRRR	PSPRRRTPPR	RMPPPPRHRR	SRSPVRRRRR
SSASLSGSSS	SSSSSRSRSP	PKKPPKRTSS	PPRKTRRLSP	SASPPRRRHR
PSPPATPPPK	TRHSPTPQQS	NRTRKSRVSV	SPGRTSGKVT	KHKGTEKRES
PSPAPKPRKV	ELSESEEDKG	GKMAAADSVQ	QRRQYRRQNQ	QSSSDSGSSS
SSEDERPKRS	HVKNGEVGRR	RRHSPSRSAS	PSPRKRQKET	SPRGRRRRSP
SPPPTRRRRS	PSPAPPPRRR	RTPTPPPRRR	TPSPPPRRRS	PSPRRYSPPI
QRRYSPSPPP	KRRTASPPPP	PKRRASPSPP	PKRRVSHSPP	PKQRSSPVTK
RRSPSLSSKH	RKGSSPSRST	REARSPQPNK	RHSPSPRPRA	PQTSSSPPPV
RRGASSSPQR	RQSPSPSTRP	IRRVSRTPEP	KKIKKAASPS	PQSVRRVSSS
RSVSGSPEPA	AKKPPAPPSP	VQSQSPSTNW	SPAVPVKKAK	SPTPSPSPPR
NSDQEGGGKK	KKKKKDKKHK	KDKKHKKHKK	HKKEKAVAAA	AAAAVTPAAI
AAATTTLAQE	EPVAAPEPKK	ETESEAEDNL	DDLEKHLREK	ALRSMRKAQV
SPQS

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з ДНК, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Blencowe B.J., Issner R., Nickerson J.A., Sharp P.A. (1998). A coactivator of pre-mRNA splicing. Genes Dev. 12: 996—1009. PMID 9531537 DOI:10.1101/gad.12.7.996
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Eldridge A.G., Li Y., Sharp P.A., Blencowe B.J. (1999). The SRm160/300 splicing coactivator is required for exon-enhancer function. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96: 6125—6130. PMID 10339552 DOI:10.1073/pnas.96.11.6125
Le Hir H., Izaurralde E., Maquat L.E., Moore M.J. (2000). The spliceosome deposits multiple proteins 20-24 nucleotides upstream of mRNA exon-exon junctions. EMBO J. 19: 6860—6869. PMID 11118221 DOI:10.1093/emboj/19.24.6860
Lykke-Andersen J., Shu M.-D., Steitz J.A. (2001). Communication of the position of exon-exon junctions to the mRNA surveillance machinery by the protein RNPS1. Science. 293: 1836—1839. PMID 11546874 DOI:10.1126/science.1062786
Lejeune F., Ishigaki Y., Li X., Maquat L.E. (2002). The exon junction complex is detected on CBP80-bound but not eIF4E-bound mRNA in mammalian cells: dynamics of mRNP remodeling. EMBO J. 21: 3536—3545. PMID 12093754 DOI:10.1093/emboj/cdf345

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16638 (англ.) . Архів оригіналу за 22 серпня 2016. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q8IYB3 (англ.) . Архів оригіналу за 29 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.