SNRNP200

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
2Q0Z, 4F91, 4F92, 4F93, 4KIT, 3JCR

Ідентифікатори

Символи

SNRNP200, ASCC3L1, BRR2, HELIC2, RP33, U5-200KD, small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200

Зовнішні ІД

OMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: SNRNP200

Пов'язані генетичні захворювання

retinitis pigmentosa 33^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• nucleotide binding • GO:0008026 helicase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • nucleic acid binding • hydrolase activity • ATP binding • RNA binding
Клітинна компонента	• catalytic step 2 spliceosome • мембрана • U5 snRNP • нуклеоплазма • spliceosomal complex • клітинне ядро • U4/U6 x U5 tri-snRNP complex • post-mRNA release spliceosomal complex
Біологічний процес	• mRNA splicing, via spliceosome • mRNA processing • osteoblast differentiation • cis assembly of pre-catalytic spliceosome • Сплайсинг РНК • spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11)
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


23020


320632

Ensembl


ENSG00000144028


ENSMUSG00000003660

UniProt


O75643


Q6P4T2

RefSeq (мРНК)


NM_014014


NM_177214

RefSeq (білок)


NP_054733


NP_796188

Локус (UCSC)

Хр. 2: 96.27 – 96.32 Mb

Хр. 2: 127.05 – 127.08 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SNRNP200 (англ. Small nuclear ribonucleoprotein U5 subunit 200) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 2 136 амінокислот, а молекулярна маса — 244 508^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MADVTARSLQ	YEYKANSNLV	LQADRSLIDR	TRRDEPTGEV	LSLVGKLEGT
RMGDKAQRTK	PQMQEERRAK	RRKRDEDRHD	INKMKGYTLL	SEGIDEMVGI
IYKPKTKETR	ETYEVLLSFI	QAALGDQPRD	ILCGAADEVL	AVLKNEKLRD
KERRKEIDLL	LGQTDDTRYH	VLVNLGKKIT	DYGGDKEIQN	MDDNIDETYG
VNVQFESDEE	EGDEDVYGEV	REEASDDDME	GDEAVVRCTL	SANLVASGEL
MSSKKKDLHP	RDIDAFWLQR	QLSRFYDDAI	VSQKKADEVL	EILKTASDDR
ECENQLVLLL	GFNTFDFIKV	LRQHRMMILY	CTLLASAQSE	AEKERIMGKM
EADPELSKFL	YQLHETEKED	LIREERSRRE	RVRQSRMDTD	LETMDLDQGG
EALAPRQVLD	LEDLVFTQGS	HFMANKRCQL	PDGSFRRQRK	GYEEVHVPAL
KPKPFGSEEQ	LLPVEKLPKY	AQAGFEGFKT	LNRIQSKLYR	AALETDENLL
LCAPTGAGKT	NVALMCMLRE	IGKHINMDGT	INVDDFKIIY	IAPMRSLVQE
MVGSFGKRLA	TYGITVAELT	GDHQLCKEEI	SATQIIVCTP	EKWDIITRKG
GERTYTQLVR	LIILDEIHLL	HDDRGPVLEA	LVARAIRNIE	MTQEDVRLIG
LSATLPNYED	VATFLRVDPA	KGLFYFDNSF	RPVPLEQTYV	GITEKKAIKR
FQIMNEIVYE	KIMEHAGKNQ	VLVFVHSRKE	TGKTARAIRD	MCLEKDTLGL
FLREGSASTE	VLRTEAEQCK	NLELKDLLPY	GFAIHHAGMT	RVDRTLVEDL
FADKHIQVLV	STATLAWGVN	LPAHTVIIKG	TQVYSPEKGR	WTELGALDIL
QMLGRAGRPQ	YDTKGEGILI	TSHGELQYYL	SLLNQQLPIE	SQMVSKLPDM
LNAEIVLGNV	QNAKDAVNWL	GYAYLYIRML	RSPTLYGISH	DDLKGDPLLD
QRRLDLVHTA	ALMLDKNNLV	KYDKKTGNFQ	VTELGRIASH	YYITNDTVQT
YNQLLKPTLS	EIELFRVFSL	SSEFKNITVR	EEEKLELQKL	LERVPIPVKE
SIEEPSAKIN	VLLQAFISQL	KLEGFALMAD	MVYVTQSAGR	LMRAIFEIVL
NRGWAQLTDK	TLNLCKMIDK	RMWQSMCPLR	QFRKLPEEVV	KKIEKKNFPF
ERLYDLNHNE	IGELIRMPKM	GKTIHKYVHL	FPKLELSVHL	QPITRSTLKV
ELTITPDFQW	DEKVHGSSEA	FWILVEDVDS	EVILHHEYFL	LKAKYAQDEH
LITFFVPVFE	PLPPQYFIRV	VSDRWLSCET	QLPVSFRHLI	LPEKYPPPTE
LLDLQPLPVS	ALRNSAFESL	YQDKFPFFNP	IQTQVFNTVY	NSDDNVFVGA
PTGSGKTICA	EFAILRMLLQ	SSEGRCVYIT	PMEALAEQVY	MDWYEKFQDR
LNKKVVLLTG	ETSTDLKLLG	KGNIIISTPE	KWDILSRRWK	QRKNVQNINL
FVVDEVHLIG	GENGPVLEVI	CSRMRYISSQ	IERPIRIVAL	SSSLSNAKDV
AHWLGCSATS	TFNFHPNVRP	VPLELHIQGF	NISHTQTRLL	SMAKPVYHAI
TKHSPKKPVI	VFVPSRKQTR	LTAIDILTTC	AADIQRQRFL	HCTEKDLIPY
LEKLSDSTLK	ETLLNGVGYL	HEGLSPMERR	LVEQLFSSGA	IQVVVASRSL
CWGMNVAAHL	VIIMDTQYYN	GKIHAYVDYP	IYDVLQMVGH	ANRPLQDDEG
RCVIMCQGSK	KDFFKKFLYE	PLPVESHLDH	CMHDHFNAEI	VTKTIENKQD
AVDYLTWTFL	YRRMTQNPNY	YNLQGISHRH	LSDHLSELVE	QTLSDLEQSK
CISIEDEMDV	APLNLGMIAA	YYYINYTTIE	LFSMSLNAKT	KVRGLIEIIS
NAAEYENIPI	RHHEDNLLRQ	LAQKVPHKLN	NPKFNDPHVK	TNLLLQAHLS
RMQLSAELQS	DTEEILSKAI	RLIQACVDVL	SSNGWLSPAL	AAMELAQMVT
QAMWSKDSYL	KQLPHFTSEH	IKRCTDKGVE	SVFDIMEMED	EERNALLQLT
DSQIADVARF	CNRYPNIELS	YEVVDKDSIR	SGGPVVVLVQ	LEREEEVTGP
VIAPLFPQKR	EEGWWVVIGD	AKSNSLISIK	RLTLQQKAKV	KLDFVAPATG
AHNYTLYFMS	DAYMGCDQEY	KFSVDVKEAE	TDSDSD

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, геліказ. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами. Локалізований у ядрі.

Література

Liu S., Rauhut R., Vornlocher H.-P., Luehrmann R. (2006). The network of protein-protein interactions within the human U4/U6.U5 tri-snRNP. RNA. 12: 1418—1430. PMID 16723661 DOI:10.1261/rna.55406
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Laggerbauer B., Achsel T., Luehrmann R. (1998). The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 95: 4188—4192. PMID 9539711 DOI:10.1073/pnas.95.8.4188
Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.P., Grigorieff N., Moore M.J. (2002). Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis. RNA. 8: 426—439. PMID 11991638 DOI:10.1017/S1355838202021088
Carrascal M., Ovelleiro D., Casas V., Gay M., Abian J. (2008). Phosphorylation analysis of primary human T lymphocytes using sequential IMAC and titanium oxide enrichment. J. Proteome Res. 7: 5167—5176. PMID 19367720 DOI:10.1021/pr800500r
Li N., Mei H., MacDonald I.M., Jiao X., Hejtmancik J.F. (2010). Mutations in ASCC3L1 on 2q11.2 are associated with autosomal dominant retinitis pigmentosa in a Chinese family. Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 51: 1036—1043. PMID 19710410 DOI:10.1167/iovs.09-3725

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з SNRNP200 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:30859 (англ.) . Архів оригіналу за 7 квітня 2016. Процитовано 6 лютого 2017.
↑ UniProt, O75643 (англ.) . Архів оригіналу за 23 листопада 2016. Процитовано 6 лютого 2017.