SMARCD2

Ідентифікатори

Символи

SMARCD2, BAF60B, CRACD2, Rsc6p, PRO2451, SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2, SGD2

Зовнішні ІД

OMIM: 601736 MGI: 1933621 HomoloGene: 20671 GeneCards: SMARCD2

Онтологія гена
Молекулярна функція	• GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • nucleosomal DNA binding • GO:0001105 transcription coactivator activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding
Клітинна компонента	• SWI/SNF complex • клітинне ядро • нуклеоплазма • GO:0009327 protein-containing complex
Біологічний процес	• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • ремоделювання хроматину • nucleosome disassembly • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization • positive regulation of nucleic acid-templated transcription
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


6603


83796

Ensembl


ENSG00000108604


ENSMUSG00000078619

UniProt


Q92925


Q99JR8

RefSeq (мРНК)


NM_001098426 NM_003077 NM_001330439 NM_001330440


NM_001130187 NM_031878

RefSeq (білок)


NP_001091896 NP_001317368 NP_001317369


NP_001123659 NP_114084

Локус (UCSC)

Хр. 17: 63.83 – 63.84 Mb

Хр. 11: 106.15 – 106.16 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

SMARCD2 (англ. SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 17-ї хромосоми.^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 531 амінокислот, а молекулярна маса — 58 921^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSGRGAGGFP	LPPLSPGGGA	VAAALGAPPP	PAGPGMLPGP	ALRGPGPAGG
VGGPGAAAFR	PMGPAGPAAQ	YQRPGMSPGN	RMPMAGLQVG	PPAGSPFGAA
APLRPGMPPT	MMDPFRKRLL	VPQAQPPMPA	QRRGLKRRKM	ADKVLPQRIR
ELVPESQAYM	DLLAFERKLD	QTIARKRMEI	QEAIKKPLTQ	KRKLRIYISN
TFSPSKAEGD	SAGTAGTPGG	TPAGDKVASW	ELRVEGKLLD	DPSKQKRKFS
SFFKSLVIEL	DKELYGPDNH	LVEWHRMPTT	QETDGFQVKR	PGDLNVKCTL
LLMLDHQPPQ	YKLDPRLARL	LGVHTQTRAA	IMQALWLYIK	HNQLQDGHER
EYINCNRYFR	QIFSCGRLRF	SEIPMKLAGL	LQHPDPIVIN	HVISVDPNDQ
KKTACYDIDV	EVDDPLKAQM	SNFLASTTNQ	QEIASLDVKI	HETIESINQL
KTQRDFMLSF	STDPQDFIQE	WLRSQRRDLK	IITDVIGNPE	EERRAAFYHQ
PWAQEAVGRH	IFAKVQQRRQ	ELEQVLGIRL	T

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до регуляторів хроматину, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція, регуляція транскрипції, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Beausoleil S.A., Villen J., Gerber S.A., Rush J., Gygi S.P. (2006). A probability-based approach for high-throughput protein phosphorylation analysis and site localization. Nat. Biotechnol. 24: 1285—1292. PMID 16964243 DOI:10.1038/nbt1240
Lores P., Visvikis O., Luna R., Lemichez E., Gacon G. (2010). The SWI/SNF protein BAF60b is ubiquitinated through a signalling process involving Rac GTPase and the RING finger protein Unkempt. FEBS J. 277: 1453—1464. PMID 20148946 DOI:10.1111/j.1742-4658.2010.07575.x

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:11107 (англ.) . Архів оригіналу за 23 серпня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.
↑ UniProt, Q92925 (англ.) . Архів оригіналу за 21 вересня 2017. Процитовано 12 вересня 2017.