PRPF40A

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
1UZC, 1YWI, 1YWJ, 1ZR7, 2CQN, 2DYF, 2KZG, 2L5F, 2L9V, 2LKS

Ідентифікатори

Символи

PRPF40A, FBP-11, FBP11, FLAF1, FNBP3, HIP-10, HIP10, HYPA, NY-REN-6, Prp40, pre-mRNA processing factor 40 homolog A

Зовнішні ІД

OMIM: 612941 MGI: 1860512 HomoloGene: 6377 GeneCards: PRPF40A

Онтологія гена
Молекулярна функція	• proline-rich region binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • RNA binding
Клітинна компонента	• nuclear matrix • U1 snRNP • U2-type prespliceosome • мембрана • клітинне ядро • нуклеоплазма • гіалоплазма • nuclear speck
Біологічний процес	• поділ клітини • клітинний цикл • mRNA processing • regulation of cytokinesis • cell migration • cytoskeleton organization • Сплайсинг РНК • regulation of cell shape • mRNA splicing, via spliceosome • mRNA cis splicing, via spliceosome
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


55660


56194

Ensembl


ENSG00000196504


ENSMUSG00000061136

UniProt


O75400


Q9R1C7

RefSeq (мРНК)

NM_017892 NM_001354432 NM_001354431 NM_001365596 NM_001365597
NM_001365598 NM_001365599 NM_001365600 NM_001365601 NM_001365602 NM_001365603 NM_001365604 NM_001365605 NM_001395472 NM_001395473 NM_001395475 NM_001395476 NM_001395477 NM_001395478 NM_001395479 NM_001395480 NM_001395481 NM_001395482 NM_001395483 NM_001395488


NM_018785

RefSeq (білок)

NP_060362 NP_001341361 NP_001341360 NP_001352525 NP_001352526
NP_001352527 NP_001352528 NP_001352529 NP_001352530 NP_001352531 NP_001352532 NP_001352533 NP_001352534

NP_061255 NP_001357944 NP_001357945 NP_001357946 NP_001357947
NP_001357948 NP_001357949

Локус (UCSC)

Хр. 2: 152.65 – 152.72 Mb

Хр. 2: 53.13 – 53.19 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

PRPF40A (англ. Pre-mRNA processing factor 40 homolog A) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 957 амінокислот, а молекулярна маса — 108 805^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRPGTGAERG	GLMVSEMESH	PPSQGPGDGE	RRLSGSSLCS	GSWVSADGFL
RRRPSMGHPG	MHYAPMGMHP	MGQRANMPPV	PHGMMPQMMP	PMGGPPMGQM
PGMMSSVMPG	MMMSHMSQAS	MQPALPPGVN	SMDVAAGTAS	GAKSMWTEHK
SPDGRTYYYN	TETKQSTWEK	PDDLKTPAEQ	LLSKCPWKEY	KSDSGKPYYY
NSQTKESRWA	KPKELEDLEG	YQNTIVAGSL	ITKSNLHAMI	KAEESSKQEE
CTTTSTAPVP	TTEIPTTMST	MAAAEAAAAV	VAAAAAAAAA	AAAANANAST
SASNTVSGTV	PVVPEPEVTS	IVATVVDNEN	TVTISTEEQA	QLTSTPAIQD
QSVEVSSNTG	EETSKQETVA	DFTPKKEEEE	SQPAKKTYTW	NTKEEAKQAF
KELLKEKRVP	SNASWEQAMK	MIINDPRYSA	LAKLSEKKQA	FNAYKVQTEK
EEKEEARSKY	KEAKESFQRF	LENHEKMTST	TRYKKAEQMF	GEMEVWNAIS
ERDRLEIYED	VLFFLSKKEK	EQAKQLRKRN	WEALKNILDN	MANVTYSTTW
SEAQQYLMDN	PTFAEDEELQ	NMDKEDALIC	FEEHIRALEK	EEEEEKQKSL
LRERRRQRKN	RESFQIFLDE	LHEHGQLHSM	SSWMELYPTI	SSDIRFTNML
GQPGSTALDL	FKFYVEDLKA	RYHDEKKIIK	DILKDKGFVV	EVNTTFEDFV
AIISSTKRST	TLDAGNIKLA	FNSLLEKAEA	REREREKEEA	RKMKRKESAF
KSMLKQAAPP	IELDAVWEDI	RERFVKEPAF	EDITLESERK	RIFKDFMHVL
EHECQHHHSK	NKKHSKKSKK	HHRKRSRSRS	GSDSDDDDSH	SKKKRQRSES
RSASEHSSSA	ESERSYKKSK	KHKKKSKKRR	HKSDSPESDA	EREKDKKEKD
RESEKDRTRQ	RSESKHKSPK	KKTGKDSGNW	DTSGSELSEG	ELEKRRRTLL
EQLDDDQ

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як процесінг мРНК, сплайсінг мРНК, клітинний цикл, поділ клітини, ацетиляція, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Allen M., Friedler A., Schon O., Bycroft M. (2002). The structure of an FF domain from human HYPA/FBP11. J. Mol. Biol. 323: 411—416. PMID 12381297 DOI:10.1016/S0022-2836(02)00968-3
Sayer J.A., Manczak M., Akileswaran L., Reddy P.H., Coghlan V.M. (2005). Interaction of the nuclear matrix protein NAKAP with HypA and huntingtin: implications for nuclear toxicity in Huntington's disease pathogenesis. NeuroMolecular Med. 7: 297—310. PMID 16391387 DOI:10.1385/NMM:7:4:297

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:16463 (англ.) . Архів оригіналу за 30 травня 2017. Процитовано 29 серпня 2017.
↑ UniProt, O75400 (англ.) . Архів оригіналу за 14 липня 2017. Процитовано 29 серпня 2017.