NUP98

NUP98
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

1KO6, 2Q5X, 2Q5Y, 3MMY, 4OWR, 5A9Q

Ідентифікатори
Символи NUP98, ADIR2, NUP196, NUP96, nucleoporin 98kDa, nucleoporin 98
Зовнішні ІД OMIM: 601021 MGI: 109404 HomoloGene: 35472 GeneCards: NUP98
Онтологія гена
Молекулярна функція

• transporter activity
• пептидний зв'язок
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• nuclear localization sequence binding
• RNA binding
• GO:0070122 peptidase activity
• serine-type peptidase activity
• hydrolase activity
• GO:0001105 transcription coactivator activity
• mRNA binding
• promoter-specific chromatin binding
• GO:0005487 structural constituent of nuclear pore

Клітинна компонента

• гіалоплазма
• ядерна мембрана
• nuclear envelope
• nuclear periphery
• мембрана
• ядерна пора
• nuclear pore outer ring
• nuclear inclusion body
• nuclear pore nuclear basket
• клітинне ядро
• кінетохор
• nuclear pore cytoplasmic filaments
• нуклеоплазма
• внутрішньоклітинна мембранна органела
• ядерні тільця
• Рибонуклеопротеїни
• host cell

Біологічний процес

• mRNA transport
• nuclear pore complex assembly
• реплікація ДНК
• protein transport
• GO:0022415 viral process
• nuclear pore organization
• posttranscriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery
• RNA export from nucleus
• telomere tethering at nuclear periphery
• mRNA export from nucleus
• protein import into nucleus
• протеоліз
• GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
• positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome
• transcription by RNA polymerase II
• nucleocytoplasmic transport
• positive regulation of nucleic acid-templated transcription
• regulation of glycolytic process
• tRNA export from nucleus
• protein sumoylation
• viral transcription
• GO:1905616 regulation of gene silencing by miRNA
• GO:0046795 intracellular transport of virus
• regulation of cellular response to heat

Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії


Більше даних
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
4928
269966
Ensembl
ENSG00000110713
ENSMUSG00000063550
UniProt
P52948
Q6PFD9
RefSeq (мРНК)
NM_005387
NM_016320
NM_139131
NM_139132
NM_001287164
NM_001287165
NM_001287166
NM_001287167
NM_022979
RefSeq (білок)
NP_005378
NP_057404
NP_624357
NP_624358
NP_001352054
NP_001352055
NP_001352056
NP_001352057
NP_001352058
NP_001274093
NP_001274094
NP_001274095
NP_001274096
NP_075355
NP_001391063
NP_001391064
NP_001391065
NP_001391066
NP_001391067
NP_001391068
NP_001391069
NP_001391070
Локус (UCSC) Хр. 11: 3.67 – 3.8 Mb Хр. 7: 101.77 – 101.86 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

NUP98 (англ. Nucleoporin 98) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 11-ї хромосоми.[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 817 амінокислот, а молекулярна маса — 197 579[4].

Послідовність амінокислот
1020304050
MFNKSFGTPFGGGTGGFGTTSTFGQNTGFGTTSGGAFGTSAFGSSNNTGG
LFGNSQTKPGGLFGTSSFSQPATSTSTGFGFGTSTGTANTLFGTASTGTS
LFSSQNNAFAQNKPTGFGNFGTSTSSGGLFGTTNTTSNPFGSTSGSLFGP
SSFTAAPTGTTIKFNPPTGTDTMVKAGVSTNISTKHQCITAMKEYESKSL
EELRLEDYQANRKGPQNQVGAGTTTGLFGSSPATSSATGLFSSSTTNSGF
AYGQNKTAFGTSTTGFGTNPGGLFGQQNQQTTSLFSKPFGQATTTQNTGF
SFGNTSTIGQPSTNTMGLFGVTQASQPGGLFGTATNTSTGTAFGTGTGLF
GQTNTGFGAVGSTLFGNNKLTTFGSSTTSAPSFGTTSGGLFGNKPTLTLG
TNTNTSNFGFGTNTSGNSIFGSKPAPGTLGTGLGAGFGTALGAGQASLFG
NNQPKIGGPLGTGAFGAPGFNTTTATLGFGAPQAPVALTDPNASAAQQAV
LQQHINSLTYSPFGDSPLFRNPMSDPKKKEERLKPTNPAAQKALTTPTHY
KLTPRPATRVRPKALQTTGTAKSHLFDGLDDDEPSLANGAFMPKKSIKKL
VLKNLNNSNLFSPVNRDSENLASPSEYPENGERFSFLSKPVDENHQQDGD
EDSLVSHFYTNPIAKPIPQTPESAGNKHSNSNSVDDTIVALNMRAALRNG
LEGSSEETSFHDESLQDDREEIENNSYHMHPAGIILTKVGYYTIPSMDDL
AKITNEKGECIVSDFTIGRKGYGSIYFEGDVNLTNLNLDDIVHIRRKEVV
VYLDDNQKPPVGEGLNRKAEVTLDGVWPTDKTSRCLIKSPDRLADINYEG
RLEAVSRKQGAQFKEYRPETGSWVFKVSHFSKYGLQDSDEEEEEHPSKTS
TKKLKTAPLPPASQTTPLQMALNGKPAPPPQSQSPEVEQLGRVVELDSDM
VDITQEPVLDTMLEESMPEDQEPVSASTHIASSLGINPHVLQIMKASLLT
DEEDVDMALDQRFSRLPSKADTSQEICSPRLPISASHSSKTRSLVGGLLQ
SKFTSGAFLSPSVSVQECRTPRAASLMNIPSTSSWSVPPPLTSVFTMPSP
APEVPLKTVGTRRQLGLVPREKSVTYGKGKLLMDMALFMGRSFRVGWGPN
WTLANSGEQLNGSHELENHQIADSMEFGFLPNPVAVKPLTESPFKVHLEK
LSLRQRKPDEDMKLYQTPLELKLKHSTVHVDELCPLIVPNLGVAVIHDYA
DWVKEASGDLPEAQIVKHWSLTWTLCEALWGHLKELDSQLNEPREYIQIL
ERRRAFSRWLSCTATPQIEEEVSLTQKNSPVEAVFSYLTGKRISEACSLA
QQSGDHRLALLLSQFVGSQSVRELLTMQLVDWHQLQADSFIQDERLRIFA
LLAGKPVWQLSEKKQINVCSQLDWKRSLAIHLWYLLPPTASISRALSMYE
EAFQNTSDSDRYACSPLPSYLEGSGCVIAEEQNSQTPLRDVCFHLLKLYS
DRHYDLNQLLEPRSITADPLDYRLSWHLWEVLRALNYTHLSAQCEGVLQA
SYAGQLESEGLWEWAIFVLLHIDNSGIREKAVRELLTRHCQLLETPESWA
KETFLTQKLRVPAKWIHEAKAVRAHMESDKHLEALCLFKAEHWNRCHKLI
IRHLASDAIINENYDYLKGFLEDLAPPERSSLIQDWETSGLVYLDYIRVI
EMLRHIQQVDCSGNDLEQLHIKVTSLCSRIEQIQCYSAKDRLAQSDMAKR
VANLLRVVLSLHHPPDRTSDSTPDPQRVPLRLLAPHIGRLPMPEDYAMDE
LRSLTQSYLRELAVGSL

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, протеаз, серинових протеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як взаємодія хазяїн-вірус, транспорт, транспорт білків, транспорт мРНК, транслокація, ацетилювання, альтернативний сплайсинг. Локалізований у ядрі, мембрані, комплексі ядерної пори.

Література

  • Fontoura B.M.A., Blobel G., Matunis M.J. (1999). A conserved biogenesis pathway for nucleoporins: proteolytic processing of a 186-kilodalton precursor generates Nup98 and the novel nucleoporin, Nup96. J. Cell Biol. 144: 1097—1112. PMID 10087256 DOI:10.1083/jcb.144.6.1097
  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Pritchard C.E., Fornerod M., Kasper L.H., van Deursen J.M. (1999). RAE1 is a shuttling mRNA export factor that binds to a GLEBS-like NUP98 motif at the nuclear pore complex through multiple domains. J. Cell Biol. 145: 237—254. PMID 10209021 DOI:10.1083/jcb.145.2.237
  • Frosst P., Guan T., Subauste C., Hahn K., Gerace L. (2002). Tpr is localized within the nuclear basket of the pore complex and has a role in nuclear protein export. J. Cell Biol. 156: 617—630. PMID 11839768 DOI:10.1083/jcb.200106046
  • Hase M.E., Cordes V.C. (2003). Direct interaction with nup153 mediates binding of Tpr to the periphery of the nuclear pore complex. Mol. Biol. Cell. 14: 1923—1940. PMID 12802065 DOI:10.1091/mbc.E02-09-0620
  • Krull S., Thyberg J., Bjorkroth B., Rackwitz H.R., Cordes V.C. (2004). Nucleoporins as components of the nuclear pore complex core structure and Tpr as the architectural element of the nuclear basket. Mol. Biol. Cell. 15: 4261—4277. PMID 15229283 DOI:10.1091/mbc.E04-03-0165

Примітки

  1. ↑ Human PubMed Reference:.
  2. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  3. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:8068 (англ.) . Процитовано 8 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
  4. ↑ UniProt, P52948 (англ.) . Архів оригіналу за 10 жовтня 2017. Процитовано 8 вересня 2017.

Див. також

  • Хромосома 11
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»