ATG16L1

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4GDK, 4GDL, 4NAW, 4TQ0, 5D7G

Ідентифікатори

Символи

ATG16L1, autophagy related 16-like 1 (S. cerevisiae), APG16L, ATG16A, ATG16L, IBD10, WDR30, autophagy related 16 like 1

Зовнішні ІД

OMIM: 610767 MGI: 1924290 HomoloGene: 41786 GeneCards: ATG16L1

Пов'язані генетичні захворювання

Хвороба Крона, inflammatory bowel disease 10^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• ubiquitin-like protein transferase activity • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • identical protein binding • GTPase binding
Клітинна компонента	• цитоплазма • autophagosome • GO:0035085 Аксонема • гіалоплазма • phagophore assembly site membrane • autophagosome membrane • мембрана
Біологічний процес	• protein transport • автофагія • negative stranded viral RNA replication • protein homooligomerization • macroautophagy • autophagosome assembly • protein localization to phagophore assembly site • protein lipidation involved in autophagosome assembly • xenophagy • positive regulation of autophagy
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


55054


77040

Ensembl


ENSG00000281089 ENSG00000085978


ENSMUSG00000026289

UniProt


Q676U5


Q8C0J2

RefSeq (мРНК)

NM_001190266 NM_001190267 NM_017974 NM_030803 NM_198890
NM_001363742


NM_001205391 NM_001205392 NM_029846

RefSeq (білок)

NP_001177195 NP_001177196 NP_060444 NP_110430 NP_942593
NP_001350671 NP_060444.3


NP_001192320 NP_001192321 NP_084122

Локус (UCSC)

Хр. 2: 233.21 – 233.3 Mb

Хр. 1: 87.68 – 87.72 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

ATG16L1 (англ. Autophagy related 16 like 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 607 амінокислот, а молекулярна маса — 68 265^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSSGLRAADF	PRWKRHISEQ	LRRRDRLQRQ	AFEEIILQYN	KLLEKSDLHS
VLAQKLQAEK	HDVPNRHEIS	PGHDGTWNDN	QLQEMAQLRI	KHQEELTELH
KKRGELAQLV	IDLNNQMQRK	DREMQMNEAK	IAECLQTISD	LETECLDLRT
KLCDLERANQ	TLKDEYDALQ	ITFTALEGKL	RKTTEENQEL	VTRWMAEKAQ
EANRLNAENE	KDSRRRQARL	QKELAEAAKE	PLPVEQDDDI	EVIVDETSDH
TEETSPVRAI	SRAATKRLSQ	PAGGLLDSIT	NIFGRRSVSS	FPVPQDNVDT
HPGSGKEVRV	PATALCVFDA	HDGEVNAVQF	SPGSRLLATG	GMDRRVKLWE
VFGEKCEFKG	SLSGSNAGIT	SIEFDSAGSY	LLAASNDFAS	RIWTVDDYRL
RHTLTGHSGK	VLSAKFLLDN	ARIVSGSHDR	TLKLWDLRSK	VCIKTVFAGS
SCNDIVCTEQ	CVMSGHFDKK	IRFWDIRSES	IVREMELLGK	ITALDLNPER
TELLSCSRDD	LLKVIDLRTN	AIKQTFSAPG	FKCGSDWTRV	VFSPDGSYVA
AGSAEGSLYI	WSVLTGKVEK	VLSKQHSSSI	NAVAWSPSGS	HVVSVDKGCK
AVLWAQY

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транспорт, транспорт білків, автофагія, поліморфізм, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, мембрані.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Ravikumar B., Moreau K., Jahreiss L., Puri C., Rubinsztein D.C. (2010). Plasma membrane contributes to the formation of pre-autophagosomal structures. Nat. Cell Biol. 12: 747—757. PMID 20639872 DOI:10.1038/ncb2078
Nottingham R.M., Ganley I.G., Barr F.A., Lambright D.G., Pfeffer S.R. (2011). RUTBC1 protein, a Rab9A effector that activates GTP hydrolysis by Rab32 and Rab33B proteins. J. Biol. Chem. 286: 33213—33222. PMID 21808068 DOI:10.1074/jbc.M111.261115
Gammoh N., Florey O., Overholtzer M., Jiang X. (2013). Interaction between FIP200 and ATG16L1 distinguishes ULK1 complex-dependent and -independent autophagy. Nat. Struct. Mol. Biol. 20: 144—149. PMID 23262492 DOI:10.1038/nsmb.2475
Otomo C., Metlagel Z., Takaesu G., Otomo T. (2013). Structure of the human ATG12-ATG5 conjugate required for LC3 lipidation in autophagy. Nat. Struct. Mol. Biol. 20: 59—66. PMID 23202584 DOI:10.1038/nsmb.2431
Metlagel Z., Otomo C., Takaesu G., Otomo T. (2013). Structural basis of ATG3 recognition by the autophagic ubiquitin-like protein ATG12. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110: 18844—18849. PMID 24191030 DOI:10.1073/pnas.1314755110

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з ATG16L1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:21498 (англ.) . Архів оригіналу за 2 вересня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.
↑ UniProt, Q676U5 (англ.) . Архів оригіналу за 13 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.