APOBEC3G

APOBEC3G
Наявні структури
PDBПошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB

2JYW, 2KBO, 2KEM, 3E1U, 3IQS, 3IR2, 3V4J, 3V4K, 4ROV, 4ROW

Ідентифікатори
Символи APOBEC3G, A3G, ARCD, ARP-9, ARP9, CEM-15, CEM15, MDS019, bK150C2.7, dJ494G10.1, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G
Зовнішні ІД OMIM: 607113 MGI: 1933111 HomoloGene: 128348 GeneCards: APOBEC3G
Онтологія гена
Молекулярна функція

• protein homodimerization activity
• cytidine deaminase activity
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding
• каталітична активність
• hydrolase activity
• hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines
• зв'язування з іоном металу
• deoxycytidine deaminase activity
• RNA binding
• zinc ion binding
• dCTP deaminase activity
• identical protein binding

Клітинна компонента

• клітинне ядро
• apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex
• гіалоплазма
• цитоплазма
• P-body
• Рибонуклеопротеїни

Біологічний процес

• cytidine deamination
• negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate
• negative regulation of transposition
• base conversion or substitution editing
• процес імунної системи
• DNA cytosine deamination
• positive regulation of defense response to virus by host
• negative regulation of viral genome replication
• negative regulation of viral process
• defense response to virus
• вроджений імунітет
• GO:0022415 viral process
• cytidine to uridine editing
• DNA demethylation

Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види Людина Миша
Entrez
60489
80287
Ensembl
ENSG00000239713
ENSMUSG00000009585
UniProt
Q9HC16
Q99J72
RefSeq (мРНК)
NM_021822
NM_001160415
NM_030255
NM_001347041
RefSeq (білок)
NP_068594
NP_001336365
NP_001336366
NP_001336367
NP_001153887
NP_001333970
NP_084531
Локус (UCSC) н/д Хр. 15: 79.78 – 79.8 Mb
PubMed search [1] [2]
Вікідані
Див./Ред. для людейДив./Ред. для мишей

APOBEC3G (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3G) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. [3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 384 амінокислот, а молекулярна маса — 46 408[4]. Цей білок належить до родини цитидиндезаміназ, його ген у приматів та людини знаходиться у кластері генів APOBEC3.

Послідовність амінокислот
1020304050
MKPHFRNTVERMYRDTFSYNFYNRPILSRRNTVWLCYEVKTKGPSRPPLD
AKIFRGQVYSELKYHPEMRFFHWFSKWRKLHRDQEYEVTWYISWSPCTKC
TRDMATFLAEDPKVTLTIFVARLYYFWDPDYQEALRSLCQKRDGPRATMK
IMNYDEFQHCWSKFVYSQRELFEPWNNLPKYYILLHIMLGEILRHSMDPP
TFTFNFNNEPWVRGRHETYLCYEVERMHNDTWVLLNQRRGFLCNQAPHKH
GFLEGRHAELCFLDVIPFWKLDLDQDYRVTCFTSWSPCFSCAQEMAKFIS
KNKHVSLCIFTARIYDDQGRCQEGLRTLAEAGAKISIMTYSEFKHCWDTF
VDHQGCPFQPWDGLDEHSQDLSGRLRAILQNQEN

Задіяний у таких біологічних процесах як вроджений імунітет, взаємодія хазяїн-вірус, антивірусний захист. Відповідає за дезамінування цидитиинів ДНК ретровірусів, вірусу гепатиту B, ретротранспозонів.

Білок має сайт для зв'язування з іоном цинку. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

APOBEC3G присутній у багатьох тканинах і клітинах, зокрема в T-лімфоцитах.[5] Цей білок уперше було відкрито завдяки його взаємодії із білком Vif[en] вірусу імунодефіциту людини.[6]

У 2016 році було виявлено, що чимало генетичних відмінностей між послідовністю ДНК людини та людиноподібних мавп визначається локусами, подібними до тих, що редагує APOBEC3G.[7]

Література

  • The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
  • Sheehy A.M., Gaddis N.C., Choi J.D., Malim M.H. (2002). Isolation of a human gene that inhibits HIV-1 infection and is suppressed by the viral Vif protein. Nature. 418: 646—650. PMID 12167863 DOI:10.1038/nature00939
  • Stopak K., de Noronha C., Yonemoto W., Greene W.C. (2003). HIV-1 Vif blocks the antiviral activity of APOBEC3G by impairing both its translation and intracellular stability. Mol. Cell. 12: 591—601. PMID 14527406 DOI:10.1016/S1097-2765(03)00353-8
  • Marin M., Rose K.M., Kozak S.L., Kabat D. (2003). HIV-1 Vif protein binds the editing enzyme APOBEC3G and induces its degradation. Nat. Med. 9: 1398—1403. PMID 14528301 DOI:10.1038/nm946
  • Sheehy A.M., Gaddis N.C., Malim M.H. (2003). The antiretroviral enzyme APOBEC3G is degraded by the proteasome in response to HIV-1 Vif. Nat. Med. 9: 1404—1407. PMID 14528300 DOI:10.1038/nm945
  • Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4

Примітки

  1. ↑ Human PubMed Reference:.
  2. ↑ Mouse PubMed Reference:.
  3. ↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17357 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
  4. ↑ UniProt, Q9HC16 (англ.) . Архів оригіналу за 2 листопада 2017. Процитовано 22 серпня 2017.
  5. ↑ Silvestro G. Conticello (2008). The AID/APOBEC family of nucleic acid mutators. Genome Biology[en]. 9 (6): 229. doi:10.1186/gb-2008-9-6-229. PMID 18598372.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)
  6. ↑ Arnaud Moris, Shannon Murray & Sylvain Cardinaud (2014). AID and APOBECs span the gap between innate and adaptive immunity. Frontiers in microbiology. 5: 534. doi:10.3389/fmicb.2014.00534. PMID 25352838.{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)(англ.)
  7. ↑ Pinto, Yishay; Gabay, Orshay; Arbiza, Leonardo; Sams, Aaron J.; Keinan, Alon; Levanon, Erez Y. (2016). Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research. 26 (5): 579—587. doi:10.1101/gr.199240.115. ISSN 1088-9051.(англ.)

Див. також

  • Хромосома 22
Молекула міоглобіну Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

П:  Портал «Біологія» П:  Портал «Хімія»