APOBEC3B

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
5CQD, 5CQH, 5CQI, 5CQK, 2NBQ

Ідентифікатори

Символи

APOBEC3B, A3B, APOBEC1L, ARCD3, ARP4, DJ742C19.2, PHRBNL, bK150C2.2, apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B

Зовнішні ІД

OMIM: 607110 MGI: 1933111 HomoloGene: 105420 GeneCards: APOBEC3B

Онтологія гена
Молекулярна функція	• hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amidines • zinc ion binding • каталітична активність • hydrolase activity • зв'язування з іоном металу • deoxycytidine deaminase activity • RNA binding • cytidine deaminase activity
Клітинна компонента	• клітинне ядро • цитоплазма
Біологічний процес	• negative regulation of transposition • вроджений імунітет • процес імунної системи • defense response to virus • cytidine deamination • cytidine to uridine editing • DNA demethylation
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9582


80287

Ensembl


ENSG00000179750


ENSMUSG00000009585

UniProt


Q9UH17


Q99J72

RefSeq (мРНК)


NM_004900 NM_001270411


NM_001160415 NM_030255 NM_001347041

RefSeq (білок)


NP_001257340 NP_004891


NP_001153887 NP_001333970 NP_084531

Локус (UCSC)

Хр. 22: 38.98 – 38.99 Mb

Хр. 15: 79.78 – 79.8 Mb

PubMed search

^[1]

^[2]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

APOBEC3B (англ. Apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3B) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 22-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 382 амінокислот, а молекулярна маса — 45 924^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MNPQIRNPME	RMYRDTFYDN	FENEPILYGR	SYTWLCYEVK	IKRGRSNLLW
DTGVFRGQVY	FKPQYHAEMC	FLSWFCGNQL	PAYKCFQITW	FVSWTPCPDC
VAKLAEFLSE	HPNVTLTISA	ARLYYYWERD	YRRALCRLSQ	AGARVTIMDY
EEFAYCWENF	VYNEGQQFMP	WYKFDENYAF	LHRTLKEILR	YLMDPDTFTF
NFNNDPLVLR	RRQTYLCYEV	ERLDNGTWVL	MDQHMGFLCN	EAKNLLCGFY
GRHAELRFLD	LVPSLQLDPA	QIYRVTWFIS	WSPCFSWGCA	GEVRAFLQEN
THVRLRIFAA	RIYDYDPLYK	EALQMLRDAG	AQVSIMTYDE	FEYCWDTFVY
RQGCPFQPWD	GLEEHSQALS	GRLRAILQNQ	GN

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до гідролаз. Задіяний у таких біологічних процесах як імунітет, вроджений імунітет, антивірусний захист. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, РНК. Локалізований у ядрі.

Література

Rose K.M., Marin M., Kozak S.L., Kabat D. (2005). Regulated production and anti-HIV type 1 activities of cytidine deaminases APOBEC3B, 3F, and 3G. AIDS Res. Hum. Retroviruses. 21: 611—619. PMID 16060832 DOI:10.1089/aid.2005.21.611
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Wedekind J.E., Dance G.S.C., Sowden M.P., Smith H.C. (2003). Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business. Trends Genet. 19: 207—216. PMID 12683974 DOI:10.1016/S0168-9525(03)00054-4
Hakata Y., Landau N.R. (2006). Reversed functional organization of mouse and human APOBEC3 cytidine deaminase domains. J. Biol. Chem. 281: 36624—36631. PMID 17020885 DOI:10.1074/jbc.M604980200
Wichroski M.J., Robb G.B., Rana T.M. (2006). Human retroviral host restriction factors APOBEC3G and APOBEC3F localize to mRNA processing bodies. PLoS Pathog. 2: E41—E41. PMID 16699599 DOI:10.1371/journal.ppat.0020041
Chiu Y.L., Greene W.C. (2008). The APOBEC3 cytidine deaminases: an innate defensive network opposing exogenous retroviruses and endogenous retroelements. Annu. Rev. Immunol. 26: 317—353. PMID 18304004 DOI:10.1146/annurev.immunol.26.021607.090350

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:17352 (англ.) . Процитовано 22 серпня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9UH17 (англ.) . Архів оригіналу за 17 лютого 2017. Процитовано 22 серпня 2017.