Légende | PK | Désignation |
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| | Ligne de Dole-Ville à Belfort | vers Dole-Ville |
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| 405,757 | Besançon-Viotte (281 m) |
| 406,113 | |
| | Tramway de Besançon |
| | Ligne de Besançon-Viotte à Vesoul | vers Vesoul |
| 407,316 | Bif de Voujeaucourt |
| | Ligne de Dole-Ville à Belfort | vers Belfort |
| | Tramway de Besançon |
| 407,820 | Tunnel de Beauregard | (451 m) |
| 408,776 | Besançon-Mouillère (249 m) |
| 409,413 | Pont sur le Doubs | (119 m) |
| 409,612 | Besançon-près-de-Vaux (260 m) |
| 409,640 | Passage sur le fossé des fortifications |
| 410,298 | Tunnel de Porte-Taillée | (74 m) |
| 410,489 | Tunnel de Trois-Châtels | (109 m) |
| 411,164 | Tunnel Saint-Léonard | (59 m) |
| 412,061 | Tunnel du Pavillon | (335 m) |
| 412,820 | Morre (346 m) |
| 413,011 | Tunnel de Morre | (874 m) |
| 416,057 | Saône (387 m) |
| 421,023 | Mamirolle (467 m) |
| | Ligne de L'Hôpital-du-Grosbois à Lods | vers Lods |
| 427,592 | L'Hôpital-du-Grosbois (567 m) |
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| 432,314 | Étalans (599 m) |
| 435,760 | Le Valdahon-Camp-Militaire (626 m) |
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| 437,963 | Le Valdahon (649 m) |
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| 445,919 | Avoudrey (719 m) |
| 452,348 | Longemaison (830 m) |
| 455,238 | La Mine de Longemaison (896 m) |
| 456,885 | Tunnel du Tounay | (431 m) |
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| 460,263 | Gilley (865 m) |
| | Ligne de Pontarlier à Gilley | vers Pontarlier |
| 463,681 | Rémonot (789 m) |
| 464,265 | Tunnel de Rémonot | (280 m) |
| 469,039 | Grand'Combe-Châteleu (757 m) |
| 471,964 | Morteau (756 m) |
| 474,979 | Le Doubs | (51 m) |
| 476,782 | Tunnel de Lachenoy | (408 m) |
| 478,480 | Villers-le-Lac (835 m) |
| 479,825 | Tunnel de l'Essart | (79 m) |
| 480,243 | Viaduc de Malpas | (63 m) |
| 480,481 | Tunnel de Malpas | (233 m) |
| 481,634 | Tunnel du Col-des-Roches | (436 m) |
| | Frontière franco-suisse |
| | Tunnel du Col-des-Roches | (436 m)[1] |
| | Le Locle-Col-des-Roches (916 m) |
| | Pont du Col-des-Roches (89 m) |
| | ligne TransN vers Les Brenets |
| | Le Chalet NE (TransN) | (940 m) |
| km 37.06 | Le Locle (946 m) |
| | Ligne de La Chaux-de-Fonds au Locle | vers La Chaux-de-Fonds |
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| | Origine du chaînage : Paris-gare de Lyon via Dijon et Dole |
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| | Source principale du schéma[2] |